最高裁判所に対応する検察庁で、東京に1か所だけあり、高等裁判所が行った刑事事件の裁判に対し上告された事件などを取り扱います。
最高検察庁の長である検事総長は、庁務を掌理し、かつ、全ての検察庁の職員を指揮監督します。
事務局では、職員の勤務時間や健康管理に関する事務、人事・給与に関する事務、文書の受理・発送に関する事務、予算の執行や物品・国有財産の管理、現金等の出納・保管に関する事務などを所管しています。
総務部では、検察庁の広報に関する事務、研修計画の立案、検察官及び検察事務官の指導・育成に関する事務、行政文書・個人情報の開示等情報の管理に関する事務、被害者の保護・支援に関する事務、上告審(最高裁に係属中の事件)にかかる事件・令状事務、証拠品の管理、裁判の執行に関する事務、検察庁で使用するパソコンの運用や管理、情報セキュリティに関する事務等を所管しています。
監察指導部は、検察庁職員の違法・不適正行為に関する内外からの情報を把握・分析し、必要に応じて事実関係の調査を行うほか、検察の組織運営全般に関しても情報の集約を行うなどした上、これらに基づく必要な指導等に当たっています。
刑事部では、一般刑事事件、少年関係事件、交通関係事件、官紀関係事件、選挙関係事件、財政経済関係事件、風紀関係事件を所管しています。
公安部は、テロ・ゲリラ等による犯罪、賃金不払いや労働災害等による犯罪、不法入国等外国人による犯罪、振り込め詐欺等組織による犯罪、暴力団同士の抗争事件等暴力団構成員による犯罪、覚せい剤の売買・使用・所持等薬物に関する犯罪及び産業廃棄物の不法投棄等環境に関する犯罪等を所管し、全国各地で発生するこれらの事件の捜査・処理及び公判遂行の指導に当たっています。
公判部では、上告審(最高裁に係属中の事件)の公判立会や上告審の運営に関する事項を所管しているほか、公判への被害者参加に関する事項の企画・立案や全国高・地検の検察官の公判遂行の指導等に当たっています。