検察庁の前身は，裁判所に附置されていた検事局です。
裁判は，明治維新の直後は，江戸時代と同様各藩で行われ，廃藩置県後は，各県で行われていたのです。明治４年７月司法省が設置され，同省が，全国の裁判事務を統括することとなり，裁判権が行政庁から司法省所管の裁判所に移りました。
その後，同５年８月，原則的な第一審の裁判所として，府県ごとに府県裁判所を設置することが決まり，順次裁判所が設置されていきますが，全部の府県に設置するには至りませんでした。
同９年９月，府県裁判所が廃止され，地方裁判所が設置されることとなり，四国には松山裁判所と高知裁判所が設置されました。香川県は，松山裁判所の管轄となります（香川県発行の香川県史によれば，香川県は，明治４年１１月１５日，高松県と丸亀県が合併して香川県が置かれた後，同９年８月２１日から同２１年１２月２７日に香川県が再置されるまで愛媛県とされていました。）。
同９年１０月，現在の裁判所敷地に松山裁判所高松支庁が開庁され，これが香川県の裁判所の始まりとなります。
同１４年８月，地方裁判所各支庁に検事局が設置されて検事が置かれることとなり，高松支庁にも検事が配置されました。
その後，名称が，高松始審裁判所，松山始審裁判所高松支庁と改められますが，同２３年１１月，裁判所構成法により，現在のような香川県一円を管轄する高松地方裁判所が設置されました。
昭和２２年５月に検察庁法が施行され，それまで裁判所に附置されていた検事局が，裁判所から分離独立した検察庁として置かれることとなり，高松地方検察庁も同時に発足しました。
高松地方検察庁は，昭和２５年４月，高松高等検察庁との合同庁舎として，現在地に木造二階建ての旧庁舎が竣工され，庁舎の老朽化等により，同５２年４月，現庁舎が竣工されて今日に至っています。